1986年，县法院增设了甘南县长山人民法庭，甘南县东阳法庭，甘南县宏建人民法庭，撤销了甘南县镇郊人民法庭。

          1988年9月，增设了长吉岗人民法庭，甘南县查哈阳人民法庭，甘南县巨宝人民法庭，甘南县音河人民法庭，甘南县宝山人民法庭。增设了行政审判庭和执行庭，实现一乡一庭。

         1990年增设了政工科。

         1991年，增设了甘南镇第一人民法庭，甘南镇第二人民法庭。1992年增设了告诉申诉庭。

         1994年，撤销了查哈阳法庭，并入平阳法庭，撤销长吉岗法庭并入宝山法庭，撤销兴隆法庭，并入音河法庭。

         1996年撤销甘南镇第一人民法庭和甘南镇第二人民法庭，恢复甘南镇人民法庭。

         1997年，将法庭设置为5个中心法庭，即甘南镇中心人民法庭，管辖甘南镇、宏建乡；音河中心人民法庭，管辖音河镇和兴隆乡；平阳中心人民法庭，管辖平阳镇、东阳镇、查哈阳乡和巨宝乡；中心乡中心人民法庭，管辖中兴乡和长山乡。1999年撤销告诉申诉庭成立立案庭。

    2000年成立双河人民法庭。

         2005年，甘南县人民法院编制70人，实有人数63人其中院长4人人（1正3副），内设政工科、办公室、立案庭、刑事审判庭、民事审判一庭、民事审判二庭、行政审判庭、审判监督庭、执行局、研究室、法警大队11个部门，另有双河、平阳、宝山、中心4个法庭。中层领导职数配备17人，一般干警43人，工勤人员3 人。其中有7人达到双学历，13人取得国家法官学院颁发的法官专业培训证书，3人通过国家司法考试资格。